潔凈室的循環送風是通過高效（亞高效）過濾器過濾后進入無塵潔凈室內的，可以視為無菌空氣，但這一過程并沒有殺菌作用。只要室內有人員的活動就可能產生塵菌，人的皮膚由于新陳代謝會不斷脫落皮屑，這可為微生物生存和繁殖提供營養源，在適宜的溫濕度條件下，會使微生物迅速繁殖。潔凈室最有效除菌方法是采用凈化空調系統，但是凈化空調系統不能提供潔凈室內的起始無菌狀態，用消毒滅菌的方法可彌補這一缺陷。因此，每間潔凈室都應該有完善的消毒滅菌制度，以保證室內的潔凈無菌環境。

醫藥、生物、食品、醫院等無塵潔凈室對塵菌控制要求更為嚴格，這些行業和場所應用無塵潔凈室可設計安裝消毒滅菌設備進行殺菌，如紫外線燈照射，臭氧滅菌等。根據潔凈室使用特點來確定消毒滅菌方法和周期，有的需要每日消毒，而有的潔凈室每周消毒一次即可。

紫外線滅菌燈照射，屬于電磁輻射消毒法。影響紫外線殺菌的主要因素有：1. 燈管使用時間：一般使用時間為1000H，定期用儀器檢測燈管的輸出強度，新燈管紫外線強度大于 90UW/CM2, 當燈管紫外線強度低于70UW/CM2，應予更換。2.環境溫濕度：適宜溫度為 20℃ ，一般相對濕度在40%-60%紫外線殺菌效果最好，當環境濕度高于80%，對紫外線燈除菌影響較大，甚至對細菌有激活作用。3 照射距離：照射距離與滅菌效果成反比關系，在距燈管中心近距離范圍內，照射強度與距離成反比。4. 紫外線只能對靜止的物體有滅菌作用，對流動空氣的意義不大，在組合式凈化空調機組停運時，紫外線照射也可以作為機組消毒的一種手段。

臭氧殺菌，臭氧在常溫下是強氧化氣體，也是一種廣譜殺菌劑?？梢杂糜跉缂毦捌溲挎?、病毒及真菌，也被廣泛用于潔凈室內部殺菌。由于臭氧是極不穩定的氣體，在常溫下會自行分解成氧氣，故不能儲存。一般都是通過臭氧發生器現場制備，臭氧為強氧化劑，其殺菌能力極強，對人體及室內某些物體也有損害，所以使用高濃度臭氧殺菌，只能在房間無人狀態進行，殺菌結束30 分鐘以后才允許人員進入。