生物潔凈室，主要分為兩大類；一般生物潔凈室和生物學安全潔凈室。凈化工程設計人員通常接觸的是前者，它主要控制有生命微粒對操作人員的污染。在某種程度上說是增加滅菌處理工序的工業潔凈室。對工業潔凈室來說，采暖通風空調專業設計中，控制潔凈度級別的重要手段是通過過濾和正壓，對生物潔凈室來說除了采用工業潔凈室相同方法外，還需要從生物安全的角度，有時則需要采用負壓的手段來防止制品對環境的污染。

     近年來，生物制品發展很快，在諸多藥廠設計中也逐步涉及生物制品的領域。生物學安全潔凈室，主要用于科學試研和生物產品的開發。生物制品是藥品中的一大類別，是以微生物寄生蟲的毒素及生物組織作為起始材料，采用分離純化技術或生物學工藝制備，以生物學技術和分離技術控制間產物和成品質量制成的活性制劑。

    在制品生產過程中涉及高危致病因子的操作，其空氣凈化系統等設施還應符合特殊要求。生物安全潔凈室與工業潔凈室所不同的是首先要保證操作區維持負壓狀態，盡管此類生產區的級別不是很高，但會有較高的生物危險度級別。關于生物危險度，在我國 WTO 及世界其他國家均有相應標準。 通常采用的措施為二次隔離，首先由安全柜或隔離箱，將病原體與操作者一次隔離，主要是阻止危險微生物外溢的一道屏障。二次隔離是將實驗室或工作區變為負壓區與外界的隔離。對于空氣凈化系統也相應采取一定的措施，如室內維持負壓30Pa~10Pa，并與相鄰非潔凈區之間設置負壓緩沖區。