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潔凈車間的環境潔凈度要求，除了空氣塵埃粒子數量控制以外，特定行業如醫療制藥、食品飲料制造業的潔凈車間，還需要對潔凈車間內部的微生物進行測定。通常來說，車間中空氣懸浮微生物的測定方法有空氣懸浮微生物法和沉降微生物法兩種，也即是常說的浮游菌和沉降菌檢測。
浮游菌檢測法是利用采樣器收集懸浮在空氣中的微生物粒子于專門的培養基上；而沉降菌測定法，是采用直徑90MM的培養皿，在采樣點上利用自然沉降原理沉降30分鐘進行采樣。把采集到的的基片（或平皿）經過恒溫箱內37℃、48H的培養生產菌落后進行計數。所使用的的采樣器皿和培養液必須進行消毒滅菌處理，采樣點可以均布或取代表性位置。浮游菌法采樣點數可與測定空氣潔凈度測點數相同，采樣時間應根據空氣中微生物濃度來決定。
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